Вирус sars cov 2 чувствителен

Своевременная и качественная диагностика – один из ключевых факторов в борьбе с COVID-19: диагностика необходима и для оценки общей эпидемиологической ситуации, и в случае принятия решения по каждому конкретному пациенту. По данным сайта стопкоронавирус.рф на 12.05.2020 г. проведено более более 5,8 миллионов тестов на наличие нового коронавируса. Цифра огромная. Однако, насколько достоверны результаты? Появляется все больше историй о типичной картине COVID-19 при отрицательных анализах. Почему так может происходить?

Какие тест-системы сейчас используются, каковы их достоинства и недостатки, и почему некоторые регионы страны переходят на диагностику с помощью компьютерной томографии разберемся в этой статье . Все это важно знать фармацевтическим работникам, чтобы быть в курсе текущих событий и грамотно отвечать на вопросы, которые клиенты неизбежно задают и будут задавать людям в белых халатах.

Сначала поговорим о ПЦР-тестах, которые специфически выявляют РНК вируса в пробах.

Взятие пробы для ПЦР

Показано, что для выявления нового коронавируса подходят смывы из носоглотки – из ротоглотки вероятность ложноотрицательного анализа немного выше [ 1 ]. Один из важнейших аспектов – время взятия материала. Проведенные исследования показывают, что при взятии материала у больного в первый день проявления симптомов COVID-19 положительный диагноз поставят с вероятностью 94 %, а вот к 10-му дню это будет всего лишь 67 %! [ 2 ].

Существует четкая закономерность: чем позже от возникновения симптомов взят материал, тем меньше шансов обнаружить в нем вирусную РНК.

Есть и хорошие новости: в течение первой недели от возникновения симптомов носоглоточные смывы имеют порядок от 100 000 до 1 000 000 копий вирусной РНК в 1 мл, что делает их легко обнаруживаемыми даже не самыми чувствительными системами. Исследования также показали, что вирусная нагрузка в верхних дыхательных путях может быть одинаковой у людей с проявленной симптоматикой и при бессимптомном течении болезни [ 3 ].

Транспортировка и хранение проб для ПЦР

Хранить образцы рекомендуется при температуре 2-8°C не больше 72 часов (более длительное хранение требует заморозки на -70°С и ниже) [ 4 ]. Соответственно, при нарушении температурного режима вероятность ложноотрицательного результата также повышается. Из-за перегруженности лабораторий, можно предположить, что большая часть образцов не хранится перед анализом надлежащим образом.

Точность разных ПЦР-тест-систем

После попадания образцов в лабораторию правильность диагноза будет зависеть во многом от тест-системы, которую там используют. На сегодняшний день помимо двух тест-систем, разработанных еще в январе в ГНЦВБ «Вектор», зарегистрировано 8 ПЦР-тест систем [ 5 ]:

АмплиСенс CoVs-Bat-FL (ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва);

Поливир SARS-CoV-2 (ООО «НПФ «Литех», Москва совместно с ФМБА и НИЦЭМ им. Гамалеи);

РеалБест РНК SARS-CoV-2 (АО «Вектор-Бест», Новосибирск, Кольцово);

набор реагентов для выявления РНК коронавирусов SARS-CoV-2 и подобных SARS-CoV (ООО «ДНК-Технология-ТС», Москва);

набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 (ФГБУ «48 ЦНИИ» Минобороны России);

SBT-DX-SARS-CoV-2 (ООО «Система-БиоТех»);

набор ООО «МедипалТех» из Дубны (производителем указано ООО «Амплитек»).

Из них системы «Вектора» и «Вектор-Беста» (последняя через сеть лабораторий «Инвитро» [ 6 ]) используются для исследования проб от государственных медицинских организаций. Здесь хочется отметить, что система «Вектора» не содержит в своем составе внутреннего контрольного образца, который должен добавляться во все пробы для контроля правильности выделения РНК и реакции обратной транскрипции [ 7 ]. Отсутствие такого контроля может также потенциально приводить к некоторому количеству ложноотрицательных результатов. Хорошая новость заключается в том, что остальные зарегистрированные тест-системы имеют в своем составе внутренний контроль, а также, по-видимому, обладают более высокой чувствительностью, т.е. дают меньше ложноотрицательных результатов.

Что касается частных клиник, то компании «Хеликс» [ 8 ] и «Гемотест» [ 9 ] заявляют, что они используют систему ГНЦВБ «Вектор», в то время как CMD и «Ситилаб » используют более современные системы ЦНИИ Эпидемиологии и ДНК-технологии, соответственно [ 10 , 11 ].

Таким образом, в городах, где представлены сетевые лаборатории, есть возможность сдать анализ частным образом и надеяться на точность проведения процедуры. В первые дни появления симптоматики точность будет выше.

Экспресс-системы

Что касается экспресс-тест-систем, то есть опасения, что созданные в сжатые сроки «уникальные» тесты по своему качеству будут уступать системам, основанным на обычной ПЦР. Насколько надежны эти системы покажет время, однако уже сейчас количество ложноотрицательных результатов ПЦР в совокупности с длительностью ожидания результата привело к тому, что в клиниках страны диагноз стали ставить не на основе ПЦР-анализа, а на основе результатов компьютерной томографии (КТ).

КТ

Преимущество КТ-диагностики при наличии клинической картины – это скорость постановки диагноза и более высокая чувствительность по сравнению с реальностью ПЦР-диагностики: 97,2 % против 83,3 % согласно данным небольшого китайского исследования [ 12 ]. Начиная с 4-5 дня заболевания можно различить так называемый симптом «матового стекла», на стадии прогрессирования такие участки консолидируются, возникает симптом «булыжной мостовой», «обратного ореола», а в пиковая стадии – «белое легкое» [ 13 ]. Возникает закономерный вопрос: отличается ли картина пневмонии, вызванной именно новым коронавирусом, от заболеваний другой вирусной природы. Ответ – нет. Вирусные пневмонии, будь то аденовирус, грипп или другие респираторные вирусы, выглядят на КТ одинаково.

Однако в условиях пандемии, когда подавляющее большинство вирусных пневмоний имеют коронавирусную природу, использование КТ для диагностики становится более чем оправданным. В последней версии методических рекомендаций Минздрава по профилактике, диагностике и лечению COVID-19 указано, что «наличие клинических проявлений в сочетании с характерными изменениями в легких по данным КТ или обзорной рентгенографии органов грудной клетки вне зависимости от результатов однократного лабораторного исследования на наличие РНК SARS-CoV-2 и эпидемиологического анамнеза» является клинически подтвержденным случаем COVID-19 [ 14 ]. Отметим также, что объем поражения легких при РГ и КТ может не иметь прямой корреляции с клинической тяжестью заболевания.

ИФА (иммуноферментный анализ)

ПЦР-тест-системы, как и КТ-диагностика выявляет COVID-19 в острой фазе. Однако весьма актуальна и информация об уже переболевших, на основании которой можно судить об охвате населения заболеванием, а также о числе бессимптомных случаев. Ответы на эти, а также на многие другие вопросы, может дать тест-система на антитела. На сегодняшний день разработкой таких тест-систем помимо «Вектора» занимаются такие организации как «Вектор-Бест», «НПО «Диагностические системы», ФНКЦ ФХМ ФМБА России, «МБС-Технологии», а также «Генетико» и Институт молекулярной биологии РАН [5]. К сожалению, тест-системы на антитела требуют намного больших усилий и времени на разработку, чем ПЦР-системы, а их чувствительность и специфичность оставляет желать лучшего. Так, проведенное в США исследование доступных система на антитела показало, что лишь 3 из 14 систем дают надежные результаты (т.е. не более 1% ложноположительных результатов), но при этом их чувствительность не превышает 90% относительно положительных контрольных образцов [ 15 ]. Какова будет чувствительность и специфичность разрабатываемых российских систем – пока неизвестно.

Итак, самое разумное, что вы можете сказать клиентам:

Если тест дал отрицательный результат или прошло больше пяти дней от начала болезни, а симптомы сохраняются, то в этом случае можно сделать КТ, при этом соблюдать все меры предосторожности, ведь в очереди запросто могут оказаться люди с новой коронавирусной инфекцией.

Проводить ИФА при текущей низкой точности – едва ли имеет смысл.

Если у вас нет симптомов, но был контакт, то можно пройти ПЦР-диагностику, но лучше всего на 14 дней уйти на самоизоляцию и наблюдать за самочувствием.

Регистрируйся на нашем сайте и получай доступ ко в сем материалам о COVID-19 в специальном разделе.

Отвечаем на вопросы в прямых эфирах Вконтакте: https://vk.com/pharmznanie

Обсудить последние новости со всеми коллегами России вы можете в чатах:

Источник

Пресс-центр

COVID-19, коронавирусная инфекция, вызванная SARS-COV-2

Статья подготовлена в рамках работы над справочным руководством для врачей «Консультант за 5 минут». Она составлена на основании официальных документов и наиболее авторитетных научных публикаций по эпидемиологии, диагностике, лечению и профилактике коронавирусной инфекции, вызванной SARS-CoV-2.

Общие сведения

Краткое описание

Инфекционное заболевание, возбудитель инфекции — штамм коронавируса 2 типа, вызывающий тяжёлый острый респираторный синдром (ТОРС). Вспышка возникла и вызвала пандемию в конце 2019 г. в г. Ухань Китайской Народной Республики (КНР). ВОЗ присвоила официальное название инфекции COVID-19 («Coronavirus disease 2019»), до этого использовался термин 2019-nCoV.

Первоначальный источник инфекции не установлен. Первые случаи заболевания могли быть связаны с посещением рынка морепродуктов, на котором продавались домашняя птица, змеи, летучие мыши и другие животные.
Клинические варианты заболевания. • ОРВИ. При тяжелом течении развивается быстро прогрессирующая острая дыхательная недостаточность (ОДН). • Пневмония (чаще двухсторонняя), возможно развитие дыхательной недостаточности. Гипоксемия (снижение SpO2 90%) ОРДС.
Поражаемые системы: дыхательная, ЖКТ, лимфатическая, селезенка, репродуктивная.

Эпидемиология

Отмечается постоянная персистенция коронавируса в популяции животных в естественной среде.
До 2002 г. считалось, что коронавирусы у человека вызывают только лёгкие респираторные инфекции, а также гастроэнтерит у новорожденных.
В 2002–2003 гг — вспышка SARS-CoV-1 инфекции с развитием ТОРС.
В 2012 г. — вспышка MERS-СoV-инфекции (периодические вспышки инфекции, вызванной данной разновидностью коронавируса регистрируются и сейчас).
В 2019 г — вспышка COVID-19, начавшаяся в Китае, распространившаяся на весь мир в 2020 г.

На начало марта 2020 г. наибольшее количество заболевших в Юго-Восточной части КНР с эпицентром в провинции Хубэй (> 80% случаев, в 1,6% среди детей 1-7 лет).
Случаи инфекции зарегистрированы в 177 странах мира, большинство из которых были связаны с поездками в КНР; с конца февраля 2020 г. —в Италию, Южную Корею, Иран. С конца марта опережающими темпами растет поражение населения США.
В настоящее время основной источник инфекции — больной человек, в том числе в инкубационном периоде заболевания.
В настоящее время данные о длительности и напряженности иммунитета в отношении SARS-CoV-2 отсутствуют. Иммунитет при инфекциях, вызванных другими представителями семейства коронавирусов, нестойкий и возможно повторное заражение.
Постановлением Главного государственного санитарного врача РФ вирус, как и некоторые другие представители этого семейства (вирус SARS-CoV, MERS-CoV), отнесен ко II группе патогенности (патогенные биологические агенты, в отношении которых известны случаи летальных исходов заболевания и/или имеются сведения о высоком эпидемическом потенциале). По классификации ВОЗ — II группа риска (умеренная индивидуальная опасность, низкая общественная опасность).
SARS-CoV-2 включен в перечень заболеваний, представляющих опасность для окружающих (Постановление Правительства РФ от 01.12.2004 г. № 715).
Путь передачи инфекции — воздушно-капельный (при кашле, чихании, разговоре), воздушно-пылевым и контактным путями.
Факторы передачи: воздух, пищевые продукты, предметы обихода, контаминированные SARS-CoV-2. В таблице представлено время полужизни SARS-CoV-2 на различных поверхностях в сравнении с наиболее распространенным коронавирусом SARS-CoV-1 (медианные значения), в часах:

Заболеваемость

Гендерных различий нет.
Средний возраст: 51 год.
Наиболее тяжелые формы у пожилых пациентов >60 лет.
Меньшая восприимчивость у детей и молодых людей.

SARS-CoV-2 — одноцепочечный РНК-содержащий вирус, относится к семейству Coronaviridae.
Генетическая последовательность SARS-CoV-2 на 79% схожа с SARS-CoV. ►Патогенез COVID-19 еще недостаточно изучен. Предполагается два пути попадания в клетку: рецептором вируса может служить рецептор к ферменту АПФ2 или трансмембранный гликопротеин CD147. Не установлен и преимущественный путь проникновения вируса в клетку.
АПФ2.

Попав в клетку, РНК запускает процесс репликации вируса. Вирус собирается несколькими независимыми частями, после этого пузырьки, содержащие вирион, сливаются с плазматической мембраной, происходит выделение вируса.
В отличие от других патогенных коронавирусов, вызывающих сезонное ОРВИ, SARS-CoV-2 реплицируется в верхних дыхательных путях без выраженной клинической картины.

Особенности при беременности

Пожилой возраст > 60 лет.
Иммунокомпрометированные пациенты: медикаментозная иммуносупрессия, ВИЧ-инфекция поздних стадий.
Сопутствующие заболевания: см. «Ассоциированные заболевания и состояния».
Эпидемиологические факторы: см. «Эпидемиология».
Занятость в сфере здравоохранения. • В КНР зарегистрировано >1700 подтвержденных случаев заболевания медицинских работников, оказывавших помощь больным коронаровирусом. COVID-19 — инфекция, связанная с оказанием медицинской помощи.

Факторы риска у детей

Неблагоприятный преморбидный фон (заболевания легких, болезнь Кавасаки).
Иммунодефицитные состояния разного генеза (чаще заболевают дети >5 лет; в 1,5 раза чаще регистрируются пневмонии).
Коинфекция с респираторно-синцитиальным вирусом. ПРОФИЛАКТИКА Пока специфическая профилактика не используется, вакцины проходят клинические испытания в нескольких странах. Неспецифическая профилактика — регулируется законодательством каждой страны. ВОЗ выступает в роли наднационального института, интегрирующего международный опыт.
Предупреждение завоза, распространения инфекции.

Изоляция больных в боксированные помещения и палаты инфекционного стационара.
Меры, направленные на механизм передачи возбудителя инфекции:

Мероприятия, направленные на восприимчивый контингент.

При планировании зарубежных поездок уточнять эпидемиологическую ситуацию в стране пребывания и текущие законодательные ограничения на перемещения. При посещении стран, где регистрируются случаи инфекции, вызванной SARS-CoV-2, соблюдать меры предосторожности:

Ассоциированные заболевания и состояния

Бронхолегочные заболевания, в т.ч. бронхиальная астма.
Сердечно-сосудистые заболевания (15% случаев), в т.ч. артериальная гипертензия (15% случаев).
Метаболические (включая сахарный диабет: >20%).
Респираторно-синцитиальный вирус (у детей). ДИАГНОСТИКА Критерии определения случая COVID-19.
Подозрительный: наличие клинических проявлений ОРВИ, бронхита, пневмонии в сочетании с данными эпидемиологического анамнеза за последние 14 дней:

Вероятный: наличие клинических проявлений тяжелой пневмонии, ОРДС, сепсиса в сочетании с данными эпидемиологического анамнеза (см. выше).
Подтвержденный: положительный результат (чаще двукратный) лабораторного исследования на наличие РНК SARS-CoV-2 методом ПЦР вне зависимости от клинических проявлений.

Анамнез

Эпидемиологический анамнез.
Инкубационный период: 2–14 сут.
Температура ≥38°C (> 90%).
Кашель, сухой или с небольшим количеством мокроты (80%).
Одышка с ЧДД >22 в мин (55%). Возможные симптомы, в т.ч. при отсутствии гипертермии:
Миалгия, утомляемость, слабость (44%).
Ощущение заложенности в грудной клетке (>20%).
Спутанность сознания (9%).
Головные боли (8%).
Кровохарканье (5%).
Диарея (3%).
Тошнота.
Анорексия.
Боль в горле.
Головокружение.
Рвота (чаще у детей).
Боль в животе.
Сердцебиение.
Изменение обоняния (гипосмия).
У детей: признаки дыхательной недостаточности (периоральный цианоз, участие вспомогательных мышц в акте дыхания, западение уступчивых мест грудной клетки).

Физикальное обследование

Оценка видимых слизистых верхних дыхательных путей.
Аускультация, перкуссия легких.
Пальпация лимфатических узлов.
Исследование органов брюшной полости с определением размеров печени, селезенки.
Термометрия. Среднее время появления симптомов от начала первых признаков:
Одышка на 5 день.
ОРДС на 8 день.
Абдоминальный (тошнота, рвота, боли в животе) и/или диарейный синдром у детей в первые 5–6 сут.

Дифференциальная диагностика

Диагностические тесты

ВНИМАНИЕ! SARS-CoV-2 — высококонтагиозен, все исследуемые материалы потенциально опасны и могут вызывать заражение, при работе с ними должны соблюдаться требования СП 1.3.3118– 13 «Безопасность работы с микроорганизмами I–II групп патогенности (опасности)».
Обучить медперсонал практике безопасного обращения с биоматериалом, строго соблюдать меры предосторожности, использовать средства индивидуальной защиты при сборе и анализе биоматериала.
Указать на сопровождающем формуляре наименование подозреваемой ОРВИ.
Основной вид биоматериала для лабораторного исследования — мазок из носоглотки и/или ротоглотки.
Информацию о выявлении/подозрении случая COVID-19 немедленно направлять в территориальный орган Роспотребнадзора, Минздрав России.
Внести медицинским организациям, выявившим случай заболевания (в т.ч. подозрительный), в информационную систему (https://ncov.ncmbr.ru) сведения, предусмотренные письмом Минздрава России № 30–4/И/2–1198 от 07.02.2020.
Правила проведения лабораторной диагностики изложены в документе «Временные рекомендации по лабораторной диагностике новой коронавирусной инфекции, вызванной 2019-nCoV», письмо Роспотребнадзора в адрес органов исполнительной власти субъектов РФ в сфере охраны здоровья письмом от 21.01.2020 № 02/706–2020–27.
Транспортировка образцов проводится с соблюдением требований СП 1.2.03695 «Порядок учета, хранения, передачи и транспортирования микроорганизмов I–IV групп патогенности».
Полная информация о руководстве для лабораторной диагностике COVID-19: https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-for-2019-novelcoronavirus-in-suspected-human-cases-20200117

Исследования первой линии

ОАК с определением уровня эритроцитов, гематокрита, лейкоцитов, тромбоцитов, лейкоцитарной формулы.
Биохимический анализ крови (мочевина, креатинин, электролиты, печеночные ферменты, билирубин, глюкоза, альбумин, ЛДГ).
СРБ, прокальцитонин, ферритин, D-димер, интерлейкины IL–4, IL–6, IL–10, TNF–α, INF–у и другие индикаторы воспаления и иммунного статуса: для оценки клинического течения болезни, тяжести пневмонии, осложнениях, для формирования стратегии лечения.
Пульсоксиметрия с измерением SpO2: скрининговый метод для выявления дыхательной недостаточности, оценки выраженности гипоксемии у пациентов, нуждающихся в респираторной поддержке, оценки эффективности терапии.
Исследование газов артериальной крови с определением PaO2, PaCO2, pH, бикарбонатов, лактата: для выявления признаков острой дыхательной недостаточности, при пульсоксиметрии SpO2 1000 нг/мл. • КФК — двукратное превышение верхней границы нормы.

Высокий уровень прокальцитонина указывает на возможность вторичной инфекции.
Повышение уровня D-димера, низкое абсолютное количество лимфоцитов — фактор риска неблагоприятного прогноза.
ЭКГ: вирусная инфекция увеличивает риск развития нарушений ритма, острого коронарного синдрома, своевременное выявление которых значимо влияет на прогноз. Кроме того, определенные изменения на ЭКГ (например, удлинение интервала QT) ассоциированы с приемом ряда антибиотиков (макролиды, фторхинолоны). Патологоанатомическая картина
Морфологические изменения ТОРС COVID-19 зависят от стадии болезни.
В экссудативной (ранней) стадии.

Лечение

ВНИМАНИЕ! На сегодняшний день еще нет доказательств эффективности этиотропной терапии при COVID-19 должной степени достоверности. Но это обстоятельство в условиях отсутствия альтернатив не позволяет с уверенностью считать неприменимыми способы лечения, показавшие локальную эффективность. Актуальные данные с оценкой степени доказательности аккумулируются Кокрейновским сообществом и доступны по следующей ссылке: https://www.cochrane.org/ru/ coronavirus-covid-19-cochrane-resources-and-news#PTE
ЛС могут назначаться по решению врачебной комиссии. Подходы к лечению сфокусированы на симптоматической терапии, респираторной поддержке.
Почти все пациенты получают оксигенотерапию (терапию кислородом), ВОЗ рекомендует проведение экстракорпоральной мембранной оксигенации у пациентов с рефрактерной гипоксемией.
Лечение коморбидных заболеваний, состояний, осложнений осуществляется в соответствии с клиническими рекомендациями по данным заболеваниям, состояниям, осложнениям.
Системные ГК не рекомендуются при лечении ОДН, вызванном вирусом SARS-CoV-2.

Медикаментозная терапия

Лечение при наличии соответствующего эпидемиологического анамнеза начать безотлагательно.
Согласно рекомендациям ВОЗ, off-label назначение ЛС с предполагаемой этиотропной эффективностью должно соответствовать этическим нормам.

Первая линия терапии

5–10 % пациентов нуждаются в лечении в палате интенсивной терапии.

Источник